für was bzw wie viele leute soll der server denn als fileserver dienen?
im profisegment würde ich sowieso nur scsi-platten verwenden. die sind performanter, haben bessere garantieleistungen der hersteller und (das wichtigste!) sind auf dauerbetrieb ausgelegt.
wichtig ist auch eine gute backup-strategie. raid1 ist nur der anfang. wichtiger ist ein backup auf ein unabhängiges, externes medium (z.b. tape).
für den heim/hobby/bastelserver tuts auch ein billiges via nehemiah system mit einer ide-platte. das ist längst performant genug.
von sata würde ich die finger lassen, aber nicht aus softwaregründen. ich hab schon mehrfach beschwerden gehört, dass die stecker fummelig sind und zu wackelkontakten neigen.
64bit linux läuft immer wie besser. das nforce4-chipset wird soweit nativ unterstützt, ethernet läuft out-of-the-box (sound auch, hier natürlich unwichtig). sata habe ich aber noch nicht getestet :-) pata macht mit älteren knoppix-versionen probleme, die hängen beim einbinden des cdroms mit der knoppix-cd drin... wird wohl ein treiber problem sein, das unterdessen behoben wurde, ein neues knoppix bootet einwandfrei. siehe die von karstenw verlinkten nforce-probleme. diese scheinen nur bei alten systemen aufzutreten.