Es geht nicht um die Desktopkonfiguration, sondern um die Konfiguration des Betriebsystems.
Beispiel Netzwerkkonfiguration:
Es gibt Spezialprogramme wie ifplugd und guessnet, welche für eine sehr flexible Netzwerkkonfiguration programmiert wurden.
Und bei Ubuntu wird der Networkmanager installiert, also ein grafisches Programm.
Die Funktonalität von ifplugd und guessnet in den Networkmanager zu implementieren ist sehr schwierig.
Oder nimm mal als Beispiel yast von SUSE. Ich kann immer nur das konfigurieren , was mir ein SUSE Programmierer vorsetzt. Wenn da kein Menüpunkt in yast vorhanden ist, kann ich es nicht konfigurieren.
Microsoft hat den Anwendern die Illusion vermittelt das ein Desktopsystem oder allgemein ein Betriebsystem unbedingt mit grafischen Programmen konfiguriert werden muß oder sollte. Und Unix geht da ganz andere Wege.