Hau sie weg - im Zweifelsfall nach Datum sortieren und die "alten" entsorgen. Hinterher Papierkorb leeren nicht vergessen!
Erstmal Gratulation zur Lösung des Problems - aber auch noch ne Frage:
Wieso bemerkst Du/Ihr eigentlich *nicht* 40.000 (!!) zusätzliche Dateien auf der Kiste? Zuviel mit dem Scanner und den Bildern von Tante Trudes Geburtstag beschäftigt, wie? Oder sind es die superkomplizierten Haushaltsbuch Excel-Tabellen für die Hundefutter-Einkaufsstatistik der letzten fünf Jahre? Es schadet nie sich mal mit dem Betriebssystem, den dazugehörigen Verzeichnisstrukturen und deren "üblichen" Inhalten (sprich: Dateien) vertraut zu machen! Nix für ungut! ;-)