Hallo
Hast Du sozusagen statt des Updaters in Thunderbird die neue Version komplett heruntergeladen und dann "drübergebügelt"?
Denn dann besteht die Möglichkeit, das Du unter Konteneinstellungen-->Servereinstellungen die Verbindungssicherheit auf "Keine" zurückstellen mußt für POP3 und SMTP.
Weitere Möglichkeit für die "fehlenden" Mails ist das Umstellen der Ansicht unter Deinem Account auf "Alle Ordner".
Dazu sollte links oben oberhalb der eigentlichen Kontoauflistung mit Posteingang, -ausgang usw. ein Tab vorhanden sein mit zwei Pfeilen.
Diese drückst Du durch bis Du in der Ansicht wieder auf "Alle Ordner" landest.
http://www.nickles.de/user/images/189916/bildschirmfoto_1.png
Klappt es damit nicht, dann benenne auch Deinen Provider und so Du es noch weißt, die Vorversion von TB vor dem Update sowie evtl. vorhandene Add-Ons.
fakiauso