Fehlerhafte Dateien auf Windows reparieren kann immer klappen, muss aber nicht klappen, wenn die Platte logisch daneben ist. Wenn Du genug DOS von der Wiederherstellungskonsole kannst, versuche es einfach die angemeckerten Dateien zu ersetzen.
Insbesondere wenn Windows bei der Installation (Reparaturinstallation) hakt, ist das kein gutes Zeichen.
Ich würde mich, bei meinen begrenzten Kenntnissen, auf die Datenrettung beschränken. E-Mails, Favoriten, Texte, Bilder, mp3s usw. runterholen. Dann neu installieren. - Ich selber habe aber meine Daten auf anderen Partitionen und kann ein Image-Backup meiner C-Partition einspielen.
Das Kopieren von Daten mittels Knoppix geht wohl nur problemlos mit der nicht ganz einfachen Kommando-Zeile. Und Du wirst nicht problemlos auf NTFS schreiben können, das Ziellaufwerk sollte FAT32 haben. Ich kann dazu nichts sagen, ich habe nur altes Knoppix 3.3.