Hast du das neue System über ein bestehendes "drüberinstalliert", oder hast du die Systempartition vorher formatiert? Wenn nicht, würde ich das mal machen; ist sicherer, wenngleich solche Probleme trotzdem nicht auftreten sollten...
Eine radikalere Möglichkeit wäre, mit dem DOS-Tool 'killmbr' von Heise den Masterboot-Record (MBR) der Festplatte zu löschen. Damit werden allerdings alle Partitionen unwiderbringlich zerstört - falls du weitere Partitionen mit Daten hast, müsstest du die erstmal sichern.
Vorteil: Du bekommst dadurch eine Platte mit einem "frischen, sauberen" Master Boot Record.
CU
Olaf