1. NTFS ist sicher. (Dateizugriffsberechtigungen)
2. NTFS ist schneller. Die einzelnen Einträge in die FAT unter FAT32 liegen bei NTFS direkt bei den Dateien, was ein ständiges Springen zwischen Datei und FAT erspart. Ebenso werden kleinere Dateien komplett in der MFT gespeichert. Bei großen Dateien wird zusätzlicher Platz freigehalten, was die Fragmentierung reduziert.
3. NTFS ist stabil. Bei NTFS gibt es keine Inkosistenz; Die Daten wurden entweder geschrieben oder nicht - bei FAT32 waren Crosslinks, falsche Zuordnungen etc. möglich.
4. NTFS bietet Datenträgerkontigente.
5. NTFS hat transparente ZIP-Komprimierung. Komprimierte Dateien sind aus Sicht von Programmen nicht von unkomprimierten zu unterscheiden, der Zugriff verläuft exakt genauso.
6. NTFS hat transparente Verschlüsselung.
7. NTFS ist das native Dateisystem von NT4, 2000 und XP. Es wird wesentlich besser genutzt als FAT.