Da Deine Platte nicht sooo gross ist, empfehl ich mal folgendes:
1. C:\WindowsME 1,5 GByte FAT32
2. D:\Win2k 1,5 GByte NTFS
3. E:\Programme 3 GByte FAT32
Einige Programme schreiben sich in die Registrierung und sind somit nur unter einem Betriebssystem verfügbar (das wo sie installiert wurden) z.B. Office oder der IE.
Bei anderen ist das wieder egal z.B. Winamp. Auf alle Fälle alles so installieren, dass es unter dem OS läuft, auf dem Du es benutzt. Bei mir schaut das so aus:
Spiele werden unter Win98 installiert, Anwendungen unter Win2k. Danach wird geschaut, ob das Spiel unter Win2k und ob die Anwendung unter Win98 läuft. Von Doppelt- oder Drüberinstallieren halte ich nix.
Installier auf alle Fälle alles nach E:\Programme. Beide OSes wissen wie man eine Platte zumüllt und ein jedes wird innerhalb kürzester Zeit die 1,5GByte fast voll haben! Vorsicht bei den Programmen die speziell nur für ein OS (98/2000) angepasst sind!