Möglicherweise kannst Du so rauskrigen, wer das verursacht:
den Taskmanager aufrufen, im Menü "Ansicht" den Eintrag "Spalten" anklicken und zu den vorhandenen noch die dazu auswählen, die "I/O [irgendwas]" im Namen haben (die sind dazu da, z.B. die Bytes bei Schreib-/Lesevorgängen aufzusummieren, sollten also bei den Prozessen, die besonders aktiv sind = viel CPU Zeit anfordern, schnell steigen), dann den mittleren TAB-Reiter "Prozesse" anklicken, eine Weile sehen, wei es so läuft und dann einen Deiner Problem-Prozesse starten, Task Manager beobachten, wenn "es" passiert, bei einem (oder gar mehreren) sollte nun was passieren in der Anzeige. Mögliche Favoriten: Viren/Trojanerprogramme, die das eben Heruntergeladene prüfen und / oder das olle Defragmentierprogramm (das nebenbei schnellstmöglich gegen die Freewareversion von O&O Defrag ausgetauscht werden sollte www.oosoft.de) oder auch die W2K-eigene Indizierungsroutine. Freilich kann es auch ein inzwischen eingedrungener Virus/Trojaner sein, das aber ist eher unwahrscheinlich, wenn auch möglich.
Da Du nun schon mal den Task Manager geladen hast, rechtsklicke doch mal auf den einen oder anderen besonders beschäftigt tuenden Prozeß, wähle dann "Priorität festlegen". Nur zu W2K selber gehörende Prozesse dürfen hier auf "Echtzeit" stehen, wenn auch längst nicht alle, aber keiner der von Dir installierten Programme. Die sollten maximal auf "Normal" stehen. Sonst belegen die zuviel von der CPU-Aufmerksamkeit für sich und für die anderen bleibt zuwenig übrig. Resultat: Dein Problem.