Also ich hatte das gleiche Problem. Unter anderem Benutzernamen anmelden als Administrator kam für mich nicht in die Tüte. Und es scheint ein generelles Win2k Problem zu sein.
Wenn man nur im Startmenue eine Verknüpfung aus dem Autostart raus- und danach wieder rein-zieht, dann startet er das entspechende Programm gleich zweimal und danach kann man (meiner Erfahrung nach) nix mehr machen außer das entsprechende Programm neuzuinstallieren und von diesem den Autost. Eintrag wieder korrekt installieren zu lassen.
Es gibt aber auch eine (wenn auch kompliziertere) Möglichkeit das selbst in die Hand zu nehmen.
Starte das oder die gewünschten Programme einfach per Eintrag in der Windows Registry.
Du legst unter HKey_Local_Machine/Software/Microsoft/Windows/CurrentVersion/Run eine neue Zeichenfolge an, die den Namen incl. Verzeichnisangabe des Programmes enthält (z.B. c:/programme/test.exe) und die wird dann beim nächsten Start garantiert nur einmal gestartet.
Willst Du noch gewisse Eigenschaften unterbringen, wie z. B. minimiertes Starten, dann lege dazu einfach 'ne .bat-Datei an, die z. B. den Text "start /min C:/Programme/test.exe" enthält (ohne Anführungsstriche natürlich).
Dann geht beim Rechnerstart zwar kurz ein Konsolenfenster (DOS-änhlich) auf, aber das stört ja nicht!
PS: Ich habe absichtlich Slashs (/) statt Backslashs geschrieben (die, die umgekehrt liegen), da Nickles die komischerweise (zumindest bei der Seitenvorschau) irgendwie veschluckt ...