Bei einigen Mainboards war das ein bekannter Fehler, den die Hersteller später durch BIOS-Updates behoben haben. Schau mal nach ob es für Dein Board neuere BIOS-Versionen gigt, und was sich an denen geändert hat.
Könnte aber auch sein dass auf Deinem Mainboard die BIOS-Batterie leer ist, und dadurch einige Einstellungen verloren gehen. Beim Einschalten bemerkt das BIOS dann das sich irgendwas geändert hat, und bringt diese Meldung.
Das würde auch das langsame Starten erklären, denn wenn das BIOS der Meinung ist das sich irgendwas geändert hat macht Windows auch eine neue Hardwareerkennung beim Booten - könnte ja sein dass Du was neues eingebaut hast... ;-)
Bau die Batterie aus und geh damit zum nächsten Uhrmacher. Die haben in der Regel Ersatz, und das viel schneller und günstiger als der Mainboard-Hersteller.
Pass auf, dass Du eine bekommst, die GENAU dieselbe Größe und Spannung hat, sonst kann es sein dass das Mainboard sich anschliessend so verhält als wäre gar keine mehr drin. (kompletter Reset)