Klar kann man die System-(und Boot-)Partition mittels Imager "verschieben", allerdings muss danach die boot.ini angepasst werden - außer Acronis erledigt das von allein (wovon ich nicht ausgehe, höchstens per extra Optionen).
Wer clever ist, kann erst die boot.ini entsprechend anpassen, dann das Image erstellen, woanders zurückspielen (... auf genau die Partition, die vorher mit der boot.ini festgelegt wurde). Das klappt im Prinzip ohne Nacharbeit/Probleme.
Wer nicht aufpasst, muss später die boot.ini anpassen und benötigt dazu ein bootfähiges Medium (ggf. mit NTFS-Unterstützung).
Die "alte" Systempartition (= Kopie) muss dabei nicht unbedingt gelöscht werden, es klappt so auch das Klonen eines OS (=> z. B. Arbeits- und Testwindows aus einer Grundinstallation). Hier müsste wiederum nur die boot.ini nochmals angepasst werden, um so den "Bootmanager" nachzurüsten.
Auf den Sinn der ganzen Aktion wurde ja schon eingegangen, praktische Erfahrung/Experimentierfreude kann aber nicht schaden.
Die Buchstabenzuordnung (=> hier C:) zur Systempartition dürfte hier fast immer noch egal sein (da Boot- und Systempartiton als aktive primäre vorliegt). Passen bzw. abgeändert müsste die eigentlich nur, wenn eine logische Systempartition verschoben würde.