Stimmt, das Motherboard muß das dann mitmachen. Dann aber darf i.d.R. keine andere bootfähige HD im Rechner vorhanden sein (sofern sich das BIOS nicht eisern an die von Dir vorgebene Boot-Reihenfolge hält - was nicht immer und überall der Fall sein soll...). Und es MUß USB2 sein, mit einer über USB1 angeschlossenen HD kommt definitiv keine Freude auf, egal, was sich da für ein Betriebssystem auf den Rechner gerät.
Besser wird wirklich eine interne Platte bzw. eine über SCSI betriebene.
Aber keine Hektik aufkommen lassen: moderne Motherboards haben heutzutage einen Controller für 4 ATAPI-Festplatten und eine SATA-Controler für nochmal 2 oder 4 (oder noch mehr) SATA-HDs und auf jeder dieser HDs kann mind. 1 Betriebssystem eingerichtet werden. Noch genauer: für jede (allerdings ausreichend große) Partition auf jeder dieser HDs kann mind. 1 Betriebssystem drauf, da kommt praktisch jeder Boot-Manager ins Schwitzen, so viele Betriebssysteme kann man da versammeln. Von den Live-Versionen diverser Linux-Distributionen (Knoppix z.B.), die nur ein bootfähiges CD/DVD-Laufwerk, aber keine HD benötigen, mal ganz zu schweigen.
Also: laß es lieber mit USB-extern, packs auf eine interne Platte, notfalls noch eine HD dazukaufen und dann da drauf installieren.