Wenn du im Windows Explorer auf den Kartenleser rechtsklickst, bekommst du (bei einliegendem Microdrive) im Kontextmenü die Option "formatieren" angeboten. Bei einer Platte >4GB sollte Windows automatisch in FAT32 formatieren, ich habe das allerdings noch nicht selbst ausprobiert.
Achtung: es wird immer wieder davor gewarnt, Speicherkarten für Digitalkameras auf dem Rechner zu formatieren, da sie dadurch für die Kamera unlesbar werden könnten. Das bezieht sich zwar, glaube ich, vor allem auf MMCs und SDs, die die Steuerlogik nicht auf der Karte haben, ich bin aber nicht sicher, ob einem das bei Flash Cards bzw. Microdrives nicht auch passieren kann. Was für eine Kamera hast du denn?