Die Arbeitsgeschwindigkeit wird nicht beeinträchtig.
An und für sich ist es möglich mehrere Primäre Partitionen zu betreiben, nur dürfen nicht mehrere Betriebssystempartitionen sichtbar sein. Es gehen max. 4 Primäre Partitionen. Allerdings beginnt man ab der 4-ten Partition Logische Partitionen einzurichten. Das Betriebssystem oder PartitionMagic erstellt dann automatisch eine spezielle Partitionsart als 4-te Primär-Partition: Die Erweiterte Partition. Sie ist Container für die Logischen Partitionen.
Im Allgemeinen wird man Betriebssystempartitionen (inklusiv installierter Programme) als Primäre Partitionen einrichten und Datenpartitionen als Logische Partitionen.
Offenkundig macht Windows gelegentlich Fehler bei mehreren sichtbaren Primären Partitionen, ich habe mal von PartitionMagic diesbezüglich einen Warnhinweis bekommen.
Bei Festplatten kommt es häufiger vor, dass Partitionen nicht mehr lesbar sind. Zumeist hat dann die Partitionstabelle einen Knacks. Standarmäßig ist das nur für die erste Partition behebbar. Bei Win98 mit Startdiskette und Befehl fdisk /mbr. Wenn man eine Sicherung des MBR erstellt, kann man zu allen 4 Primären Partitionen den Zugriff reparieren.
Logische Partitionen sind weniger vom Verschwinden geplagt (wenn es gelingt die Erweiterte Partition wiederherzustellen), weil ihre Partitionsdaten nicht am gefährdeten Plattenanfang liegen. Allerdings ist Software selten, die die Partitionsdaten von Logischen Partitionen speichern und wiederherstellen kann, indem sie die Partitionen repariert; natürlich gibt es echte Datenrettungsprogramme, die das unabhängig vom Zustand der Partitionsbeschreibungsdaten versuchen (zumeist erfolgreich).
Die Partitionsdaten liegen bei Logischen Partitionen stets am Ende der vorangegangenen Partition. Wenn eine Logische Partition gelöscht wird, sind die nachfolgenden Partitionen unlesbar, Ketten von Logischen Partitionen sind insofern fragil. Deshalb mögen manche Leute nicht allzuviele Partitionen einrichten und mögen auch nicht wichtige Daten auf Logischen Partitionen lagern. Für Win98/FAT32 kriege ich aber meine Logischen Partitionen mit Norton/Iomega ZipRescue wiederhergestellt, ich habe Daten auf Logischen Partitionen ohne mir groß Sorgen zu machen.