1) Das ist die Signaturfalle von Windows auf NTFS-Dateisystemen. Windows startet nur, wenn der Festplatten-GUID im MBR mit dem Festplatten-GUID in der Registry (bei den Partitionsangaben) übereinstimmt.
http://de.wikipedia.org/wiki/GUID
Die meisten Imager und Klonprogramme verlangen manuelle Nacharbeit, damit Kopien der Windows-C-Partition lauffähig werden. Bei Acronis ist das anders, Acronis vergibt den alten GUID im MBR an den Klon und verpasst der alten Installation einen neuen GUID, der dann freilich nicht mehr zu den alten Registry-Einträgen passt.
Windows kann die Sache aber reparieren:
Dafür muss der alte GUID im MBR gelöscht werden, Windows macht ihn beim Start neu und passt die Registry an, benötigt aber rund 5 Minuten dafür. In der Zeit scheint sich über lange Strecken nichts zu tun, also tapfer abwarten. Das Löschen des MBR inkl. GUID schaffen aktuelle Windows-eigene-Tools nicht. Man braucht ein altes DOS von Win98. Am besten die Startdiskette von Win98, die geht auch für große Festplatten. Man startet mit Diskette bis zum DOS-Prompt und gibt fdisk /mbr ein. Dann Neustart ohne Diskette.
2) Windows kann auf externen Festplatten nicht starten.
Nur die neue eSATA-Schnittstelle für externe Festplatten behandelt externe Festplatten wie interne. Auch mit der normalen SATA-Schnittstelle klappt das leidlich, aber davon würde ich abraten. Du bräuchtest also für Deine Festplatte ein externes eSATA-Gehäuse und auf dem PC-Mainboard eSATA-Anschlüsse an der Rückseite...ev. kann man sie auch nach vorn an eine Blende verlegen. Fehlen die Anschlüsse, musst Du eine PCI oder PCI-Expresskarte kaufen, die Anschlüsse hinten oder nach vorn zu verlegen mitbringt.
3) Verabschiede Dich von USB, USB ist unzuverlässig (Datenverlust). Noch besser (sicherer und billiger weil Du keine PCI-Adapterkarte brauchst) als eSATA wäre der Einbau von Wechselrahmen. Der Wechselrahmen sollte passen (PATA oder SATA). Für SATA gibt es auch sogenannte trägerlose Rahmen, aber dann braucht man eine gute Verpackung für die Festplatte. Immerhin braucht man nicht für jede neue Festplatte einen neuen Träger (oder ganzen Wechselrahmen) kaufen. An die Kühlung der Platte denken! Wenn Du sowas machst fette regelmäßig die Kontakte ein, sie werden nach wenigen Jahren unzuverlässig. Tube Bosch Kontaktfett. Ohrtipps mit der Kombizange flach quetschen, damit Du zwischen die Kontakte kommst.