Hi,
Da sich installierte Programme jeweils in der Registry eintragen , ist es besser für jedes Windows die Programme auf die jeweilige Root-Partition zu installieren .
Wenn nämlich z.B. unter Win98 ein Programm eine bestimmte Einstellung , geladene "DLL's" oder Ähnliches speichert , kommt es vor , das auch Einträge in der Windows-Registry gemacht werden .
Startest Du dann WinXP und greifst auf dieses Programm zu , hat WinXP die Änderungen nicht in seiner Registry (die stehen ja nur unter Win98) .
Dies führt dann zu den von Dir beschriebenen Problemen .
Die sauberste Lösung wäre , beide Windows-Versionen neu zu installieren (mit den benötigten Programmen) . Du kannst aber auch vesuchen mittels Systmwiederherstellung von WinXP und Eintrag der "System.1st" als "System.dat" in Win98 die Anfangskonfiguration wieder herzustellen .
Letzteres dauert aber , wenn es nicht 100%-ig klappt , noch länger als die Neuinstallation und kostet unnötig viel Nerven .
Übrigens , Deine Daten (Word , Excel , Bilddateien usw.) solltest Du in einer eigenen Partition ablegen . Damit kannst Du Deine Daten behalten , wenn mal eine Neuinstallation ansteht . Hierbei macht es keine Probleme , wenn mehrere Systeme darauf zugreifen
(bei mir z.B. Win98 , WinXP , SuSE 8.2)
mfg
cutulhu