Das Phänomen tritt nicht nur bei WinMe auf, es gab hier auch schon diverse Postings von Leuten (auch von mir), die dieses Problem auch unter Win98 hatten.
Ein Ratschlag war u.a. in der Regsitry den Eintrag HKEY_LOCAL_MASCHINE\\Software\\Microsoft\\Windows\CurrentVersion\\Explorer\\DeskopProcess entweder zu löschen oder auf 0 zu setzen. Der Tip bezog sich aber auf Win98 und hat zumindest bei mir nichts gebracht.
Wie sich inzwischen herausgestellt hat, war bei meinem System eine installierte Trialversion von RamDisk98 schuld, unter anderem wurde ein Gerätetreiber namens Ramdisk98.pdr in das Verzeichnis C:\\Windows\\System\\IOSUBSYS kopiert. Nachdem ich die gelöscht hatte, war alles wieder normal.
Keine Ahnung, ob Dir das weiterhilft.